۱- توسعه و بکارگیری دانش بشری در زمینه علم بیماری های عفونی.
۲- انجام پژوهشهای بنیادی اپیدمیولوژیک و بالینی برای اصلاح نظر ارائه خدمات بهداشتی درمانی کشور به منظور جوابگویی به نیازهای جامعه اسلامی.
۳- جمع آوری، تنظیم و طبقه بندی اسناد، مقالات و مدارک مربوطه و انتشار آنها.
۴- تربیت نیروی انسانی محقق در زمینه بیماری های عفونی.
۵- ترغیب تشویق و بکارگیری محققین در زمینه بیماری های عفونی.
۶- کوشش در جلب توجه و همکاری مراکز تحقیقاتی و اجرایی مربوطه در داخل کشور.
۷- همکاری علمی با مراکز تحقیقاتی و آموزشی سایر کشورها و سازمانهای بین‌المللی با رعایت قوانین و مقررات دولت جمهوری اسلامی ایران.
۸- توسعه دانش در خصوص بیماری های عفونی در راستای پیشگیری از بیماری های شایع در گناباد و شهرستان های زیر مجموعه و استان.
۹- توسعه پژوهش های مرتبط با بیماری های عفونی در راستای ارتقاء سلامت جامعه.
۱۰-تشخیص و کاهش موارد بیماری های عفونی و همچنین کاهش عوارض و مرگ و میر ناشی از این بیماری.
۱۱-افزایش سطح آگاهی های عموم مردم در جامعه در زمینه راههای ابتلا به بیماری های عفونی و چگونگی پیشگیری از آن.
۱۲-تشخیص موارد عود بیماری های عفونی و جستجوی دلیل آن.
۱۳-جداسازی باکتری از نمونه های بیماران و بررسی نحوه پاسخ بیماری های عفونی به درمان.
۱۴-تشخیص موارد بیماری های عفونی مقاوم به دارو و ارائه رژیم درمانی موثر بر اساس نتایج آزمایشگاهی.
۱۵-مطالعه بر روی واکسن ها با هدف پیشگیری از بیماری های عفونی.
